多年生木本植物是一个重要的植物类群，不仅是木材、精油、松脂等特别代谢物的重要来历，更是对整个生态体系、工业和医药产业有着非常大的奉献。因而，准确解析多年生木本植物木材构成、抗性调控、休眠机制、次生代谢调控等重要生物学进程要害基因，树立体系的遗传调控网络，关于说明该类群植物重要性状生物学根底、分子育种和种质立异具有极端严重的含义。

  近年来，跟着多年生木本植物的基因组和功用研讨的深化，很多的数据不断发生。但是，这一些数据的搜集、存储办理、功用发掘和开发使用一直是该范畴开展的核心问题。未处理这样一些问题，PPGR在多年生木本植物数据标准化的根底上，供给了多组学大数据存储、剖析、同享和可视化服务。PPGR的开发完成了多年生木本植物组学资源的体系办理和高效使用，为多年生木本植物遗传改进、功用基因组学研讨、分子育种供给了新的重要遗传资源和有力东西。

  PPGR整合了毛果杨、油松、大桉、银杏等60种木本植物的基因组数据，使用标准化流程剖析了9,016个转录组数据集，PPGR计算了107,344个转录因子、10,263个抗病 (NLR) 基因、以及53,829个水平搬运基因、8.47亿条基因互刁难用来构建多维基因调控网络，重绘了多条木本植物重要代谢通路（木材构成、季节性休眠、萜烯生物组成和叶片变老），其间包容了87,372个通路候选基因。别的PPGR还供给了相应模块供用户阅读剖析多组学数据，具有较强的实用性和交互性，并供给了“一站式”剖析成果的在线集成东西以便利用户对基因调集进行功用富集剖析 (GO、KEGG)、调控网络检索、序列剖析 (启动子序列motif 猜测与富集) 和BLAST。

  PPGR是一个全面的多年生木本植物资源库，用户都能够经过基因称号或基因索引快速获取感兴趣基因的方位、结构、功用域、代谢通路、同源基因、互作基因、调控通路、表达形式等相关多组学信息。在多维基因调控网络构建进程中，PPGR采用了文本智能发掘、文献数据人工审编、互作猜测算法等多种方法对蛋白-蛋白、转录因子-靶标、共表达网络在内的多种信息进行高效整兼并猜测。除此之外，根据遗传调控网络的分子育种模块正在开发，近期将使用于该数据库。

  至2023年9月停止，PPGR已成功收录了众多与多年生植物基因组和调控相关的数据，这一名贵的资源无疑将加快多年生植物基因组和调控研讨范畴的开展。跟着PPGR数据库的推出，估计将为林木基因组学和基因调控研讨范畴带来更多的科研打破和发现。

  北京林业大学生物学院硕士研讨生杨森，中国科学院基因组研讨所博士研讨生宗文婷为论文榜首作者；北京林业大学生物学院谢剑波教授，中国科学院北京基因组研讨所李茹姣正高档研讨员，中国科学院北京基因组研讨所鲍一明教授为通讯作者。研讨工作遭到国家重点研制方案、国家自然科学基金优秀青年基金、国家林草局青年优秀人才等项目的联合赞助。